Here are some Armenian nouns:

http://fpaste.org/D1ZC/raw/

The problem is that the morphological analyser is not analysing alternative forms as having the lemma of their original forms. It should do this.

<spectie> <spectie> (1b) (ii) if the word on wiktionary is an alternative spelling, edit the apertium-hye.hye.dix
<spectie> <spectie> (e.g. http://en.wiktionary.org/wiki/%D5%B0%D5%A5%D5%A9%D5%AB%D5%A9%D5%A5%D6%80%D5%A5%D5%B6)
<spectie> <spectie>     <e lm="հեթիթերեն"><i>հեթիթերեն</i><par n="հայերեն__n_nn"/></e>
<spectie> <spectie> and change the entry to:
<spectie> <spectie>  <e lm="հեթիթերեն" r="LR"><p><l>հեթիթերեն</l><r>խեթերեն</r></p><par n="հայերեն__n_nn"/></e>

<spectie> e.g. (example in Latin script)

<spectie> if it's:
<spectie> <e lm="fooen"><i>foo</i><par n="baz/en__n_nn"/></e>
<spectie> and you have:
<spectie> "fooen is an alternative spelling of baren"
<spectie> then it should be:
<spectie> <e lm="fooen" r="LR"><p><l>foo</l><r>bar</r></p><par n="baz/en__n_nn"/></e>

For all of the nouns in the list, adjust their entries in the apertium-hye.hye.dix to be analysed properly